Ho scoperto che con il Toggle questa cosa non funziona, occorre modificarlo così:

codice:
// Javascript
$( ".click-it" ).click(function(){
    if($(this).hasClass("item-checked"))
   {
        $(this).removeClass("item-checked");
        $(this).find(':checkbox.check-it').attr('checked', false);
   }
   else
   {
        $(this).addClass("item-checked");
        $(this).find(':checkbox.check-it').attr('checked', true);
   }
});