Il problema non e' nella stampa, ma nell'algoritmo. La tua elaborazione prosegue finche' il numero decimale e' maggiore di zero, ma l'unica modifica che fai a quel numero e' dividerlo per 2. Ora, e' evidente che nessun numero maggiore di zero diventa zero solo a forza di dividerlo per due (l'elaborazione termina comunque quando il numero diventa sufficientemente piccolo perche' venga considerato zero dall'approssimazione), quindi devi fare il controllo sulla parte intera di $dec.

Codice PHP:
function mybin($dec) {
    $bin = '';
    while ( intval($dec) > 0 ) {
        $bin = $dec % 2 . $bin;
        $dec /= 2;
    }
    return $bin;
}

echo mybin(8);