anche io ti consiglirei un database unico: praticamente tutte le piattaforme mall/ecommerce su cui ho lavorato si basano su un unico database, e ci sono diversi motivi per farlo (strutturali, architetturali, ecc.). La sicurezza dell'applicativo non dipende poi così tanto dalla separazione dei database, e in rapporto a tante altre cose (costi, tempo, tecnologie attuali, ecc.) sicuramente l'utilizzo di un'unica base di dati è la soluzione ottimale.

Come dice silverwings le ultime versioni di MySQL lavorano molto bene, e puoi sfruttare appieno la potenzialità ad esempio di un bel database innodb!