ho capito, ma non so se ti rendi conto che preferisci chiamate di sistema (supponendo che non ci sia nessun errore runtime e/o di compilazione e mettendo in attesa la jvm del risultato di una scrittura su file, compilazione ed esecuzione) a controlli con if.

Pensa invece se puoi modificare l'architettura, non so come è (conosco solo una parte del tuo programma), ma ricordo una cosa che diceva il mio prof di programmazione:
" quando i controlli iniziano ad essere più di 3 forse la stessa cosa puoi farla in altro modo " e in effetti rivedere l'architettura e applicare correttamente i pattern del GOF in passato mi ha aiutato a ridurre il numero di controlli fatti