Secondo me faresti prima a controllare l'estensione del file...
Potresti usare uno script come questo
Codice PHP:
<?php
    $allowedExtensions 
= array('pdf','txt');
    foreach (
$_FILES as $file){
        if (
$file['tmp_name'] > ''){
            if (!
in_array(end(explode(".",strtolower($file['name']))),$allowedExtensions)){
                die(
'Tipo di file non valido');
            }
        }
    }
?>
controlla le estensioni di tutti i file presenti in $_FILES e blocca l'applicazione se una di queste non è presente nell'array $allowedExtensions, in cui inserirai quelle che desideri.

Ciao