forse la sottile differenza tra 'disabled' e 'not loaded'?
Non ho esperienza in merito.
Mi sembra di aver capito che la direttiva disable_classes è una direttiva di sicurezza e non di configurazione "nativa" del modulo php. Quindi la classe è sempre caricata anche se non te la lascia usare (infatti produrrebbe un warning avvertendo che la classe è disabilitata: dunque la riconosce).

Si dovrebbe proprio non caricare la libreria e quindi compilare il tuo php sul server con --disable-dom.

Fammi sapere =)