beh, immagino si tratti di salvare il file perl da qualche parte nella root del tuo sito e - qui ho qualche dubbio - passare il percorso del file perl all'exec ma - leggendo meglio - sembra ti facciano eseguire il perl solo dall'interno di un file.. ti suggerirei di farlo lavorare come un cgi (quindi bypassi il PHP). Lo script non l'ho guardato quindi non so se e quale parametro si aspetta.