ma quando dici che vuoi eseguire un file php che cosa intendi? vuoi che la pagina venga ricaricata su un altra pagina php?

perchè se è così ti basta fare una cosa del genere:

codice:
if (nomeutentegiusto)
{
window.location.assign('http://www.tuosito.it/tuapagina.php')
}
else
{
...
}
Se invece vuoi che la pagina rimanga quella che è ma lo script venga eseguito (diciamo in background) allora come ti hanno già detto gli altri ti serve Ajax



P.S. se stai cercando di usare Javascript per creare un area protetta del sito .... sappi che la sicurezza di questa cosa è pari a 0