non importa se li metti nel DB o nella cartella, se il server non consente upload così grandi il file non arriverà mai.

quindi o trovi un hosting che ti consenta upload della dimensione che occorre a te oppure dovrai andare su servizi più costosi come il Virstual Server o il Server Dedicato dove hai la possibilità di modificare il php.ini e quindi decidere tu quale sia la dimensione dei file che potrai uplodare sul tuo sito.