Quando ho dovuto fare una scelta simile io ho optato per cakephp, in parte perchè dicevano è più semplice da apprendere, in parte perchè tutto sommato l'idea di "convention over configuration" mi intrigava non poco.. e ne sono rimasto decisamente soddisfatto. Ho scoperto in seguito che, quando inizi a capire come funziona, puoi ribaltarlo più o meno come ti pare e diventa molto flessibile. Personalmente non inizierei qualcosa da zero, perchè se è vero che mi piace sapere cosa sta succedendo nel mio programma, è vero anche che framework "conosciuti" sono molto testati e ti permettono di concentrarti di più sull'applicazione in se (per es. tutto ciò che riguarda la sicurezza e la validazione dei dati, per dirne una)
Su internet è pieno di confronti fra framework php MVC, l'ultimo che ho trovato è questo:
http://itworks.lt/blog/2010/10/cakep...-one-question/