Il problema trasparenza delle png e` vecchio, e risolvibile con un filtro (non ricordo la sintassi: ma se fai una ricerca nel forum con le chiavi trasparenza png IE6 trovi centinaia di thread sull'argomento)

Per quanto riguarda la sintassi ed i validatori, XHTML ha introdotto una sintassi molto piu` rigida, paragonabile a quella di quasi tutti i linguaggi di programmazione: se la segui hai la quasi-certezza che la tua pagina sia visbilie allo stesso modo anche nei browser futuri (che si prevede saranno molto piu` strict di quelli attuali). Le differenze maggiori sono nella mancanza di tutti gli attributi di formattazione (che vanno invece inseriti nel CSS): comunque ci sono ottime guide: A) il tutorial XHTML di HTML.it; B) per la sintassi i reference che trovi in rete, ad esempio http://www.w3schools.com/tags/default.asp

Per quanto riguara le dimensioni dei caratteri, queste sono molto varie: cambiano anche da computer a computer nello stesso browser. Il trucco e` lasciare un po' di spazio in piu`, ed usare misure in em per i blocchi che contengono il menu.

Poi avrai altri problemi minori, che forse non conviene correggere: se il contenuto si vede tutto, le ombre e gli arrotondamenti sono finezze che chi usa browser obsoleti puo` anche perdersi: e` la cosiddetta "graceful degradation" (oppure "progressive enhancement"): trovi info mediante ricerca in rete e tra gli articoli di HTML.it.