quel file non è fondamentale al funzionamento del sito.
il suo scopo è solo quello di modificare il modulo mainmenu di default, ecco perchè ora lo vedi con font diversi ecc... ma dal punto di vista funzionale non cambia nulla.

hai provato a vedere cosa c'è nella riga indicata dall'errore?

quando dici di aver provato anche con una nuova installazione intendi di tutto il sito o solo del template?