Secondo me devi solo stipulare un contratto di fornitura del software al tuo cliente dove indichi in modo chiaro cosa il tuo cliente può fare ed in che modo lo può distribuire, in particolar modo indicando se lo può rivendere a suo nome e se l'assistenza al cliente finale è in carico a lui o a te.
Fatti dare un po' di anticipo. Ho avuto brutte esperienze in passato.