allora non ci siamo capiti.
I file sorgenti vanno tutti con la struttura package in una determinata posizione (es dentro src).
Tu puoi dire al compilatore di mettere tutto dentro un altro package (che chiami .classes), dove dentro rispetti la struttura.
Sono tutte opzioni di compilazione, se non sei pratico sarebbe bene non passare per l'IDE e scrivere tutto a riga di comando, capisci cosa fa e capisci cosa cercare per ottenere questo comportamento.
Gli IDE in alcuni casi sono la rovina perché si comincia a pensare che non si può fare in altro modo.
Netbeans non ti consente questa separazione perché cmq ti prepara un eseguibile (un .jar) con solo i file .class che butta in dist.
Eclipse dà una maggiore flessibilità, ma questa flessibilità si traduzione in opzioni di compilazione (ottenibili da shell con javac )