Onestamente non credo che sia molto normale come funzionamento, non mi risulta che move_uploaded_file distrugga il file temporaneo.
Per quanto riguarda i permessi se il server è linux in teoria è possibile avere solo il permesso di scrittura e non di lettura ..... ma in realtà è molto inusuale una situazione del genere, anche perchè non avrebbe molto senso

prova ad usare la funzione copy anzichè move_uploaded_file

Codice PHP:
copy ($_FILES['file']['tmp_name'],"/tuo/percorso/nomefile.ext"); 
se non funziona posta il codice.