Io farei un misto di php (per estrarre dal db le parole da sostuire) e il carissimo jquery per rimpiazarle nella pagina.

Inoltre puoi fare un js statico da aggiornare (fopen-fwrite-etc.etc.) solo all'inserimento di una nuova parola
Demo:
codice:
<html>
<head>
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4/jquery.min.js"></script> 
<script type="text/javascript" language="javascript"> 
$(function () {
	// la lista deve essere generata tramite php
	$("#content").html($("#content").html().replace("parole", "<a href=\"#\">parole</a>"));
	$("#content").html($("#content").html().replace("ciao", "<a href=\"#\">ciao</a>"));
	}); 
</script> 
</head>

<body>
<div id="content">



ciao non sò se questo possa fare a caso tuo.
In pratica tramite jquery si va a sostituire alcune parole indicate nello js e presenti nel div con id "content" con un determinato link.
Ovviamente il codice js dovrà essere generato dinamicamente esternamente alla pagina da php.
</p>
</div>

<div id="altro">
ciao parole
</div>

</body>
</html>