hai due strade:

1 ti fidi di quello che ti dice il Browser con $_FILES["uploadfile"]["type"] considera che browser diversi possono dare output diversi sullo stesso tipo di file

2 lo controlli con funzioni PHP tipo finfo_file() o mime_content_type (mime_content_type è deprecata ma per finfo devi a vere PHP 5.3.3)

Comunque anche con le funzioni PHP è possibile che ci sia qualche errore nel riconoscimento di alcuni tipi di file.