Perché come ha giustamente anticipato m4rko80, sovrascrivi il documento.
Il metodo più semplice usare innerHTML cosi:
codice:
<body>
<div class="js">
<script type="text/javascript">
window.onload = function() {
var nome = prompt('Ciao! Come ti chiami?', '')
document.getElementById('Nominativo').innerHTML='<h2 align="center">Ciao! ' + nome + '</h2>';
}
</script>
<div id="Nominativo"></div>
</div>
</body>