Se la stringa termna sempre per " JOIN" puoi fare una substring n base alla lunghezza di " JOIN" quindi 4 caratteri, ovvero:
Codice PHP:$stringa = "tabella1 as t1 JOIN tabella2 as t2 JOIN tabella3 as t3 JOIN";
$stringa = substr($stringa,0,strlen($stringa) - 4);

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