Da quanto ho capito vuoi fare a meno dell'installazione del programma: peccato, in quel caso sarebbe bastato includere il framework nel setup e, in caso di assenza nel sistema operativo target, sarebbe stato installato.

Nel tuo caso, occorre verificare la presenza di determinate chiavi di registro (sempre che ti stia riferendo a SO della famiglia Microsoft), cioè questa: HKEY LOCAL MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\.NETFramework\policy\v; accanto alla "v" c'è un numero che identifica la versione del framework.
Puoi usare il C, oppure linguaggi di scripting quali VBS o BATCH.


Ciao