Allora, mi dispiace diti che ie e iframe sono 2 parole che sarebbe meglio non accostare mai... Infatti secondo le norme del w3c è deprecato (da non utilizzare) ma l'hanno sostituito con il tag object (altrettanto non compatibile con ie)...
Oltre che gli iframe e similiari hanno dei problemi con l'indicizzazione...

Detto questo, prova a fare dei veri link a pagine e non solo dei href="#" mi sembra che vadano anche con ie....
[Consiglio, per togliere il bordo agli iframe su tutti i browser dagli l'attributo frameborder="0" perchè da css ie non lo prende...]

Fai delle prove con questi due tag è l'unica cosa che ti posso dire...

Passando al jQuery che è un argomento in cui sono piu ferrato ..

Penso che il .stop() non ti serva se ho capito bene cosa vuoi fare o.o
oltretutto crea casini con i webkit (chrome e safari)..

puoi sostituire

codice:
$(".sliding-element a").mouseover(function () {
$(this).stop().animate({ marginLeft: "20px" }, 500 );
});

$(".sliding-element a").mouseout(function () {
$(this).stop().animate({ marginLeft: "0px" }, 500 );
});
con

codice:
$(".sliding-element a").hover(
       function(){$(this).animate({ marginLeft: "20px" }, 500 )},
       function(){$(this).animate({ marginLeft: "0px" }, 500 )}
                                        );
Ultimo consiglo poi smetto di rompere xD

-Invece di ripostare il codice potevi editare il messaggio già fatto