Cambia eccome. Le variabili locali sono allocate sullo stack, che è di dimensioni relativamente ridotte, mentre ciò che è allocato con malloc & co. è allocato nell'heap, dove puoi allocare grandi quantità di dati (se la macchina non ha particolari limiti di memoria fisica, virtuale e di spazio di indirizzi puoi allocare tranquillamente più di 1 GB di memoria senza problemi).