il codice che ti ho postato io è il risultato (una volta che la pagine è arrivata al browser), la stringa "prova" non l'ho scritta hardcode (a mano per intenderci) è stata passata attraverso un modulo, credo tu stia facendo confusione non hai ben chiaro questo concetto: Javascript e client side (eseguito sul browser dell'utente), PHP è server side (eseguito sul server, quindi prima che arrivi al browser).
lavorando lato server devi considerare javascript come consideri normale HTML, se vuoi stampare un input proveniente da un modulo in un <div> farai così:
codice:
<div>
<?php  echo $_POST['query'];  ?> 
</div>
stessa cosa con JavaScript, devi costruirti lo script lato server in modo che arrivi al browser come tu lo vuoi, quindi
codice:
<script language="Javascript" type="text/javascript"> 
...
// execute an inital search -> avvia una ricerca  
      searchControl.execute("<?php echo $_POST['query'] ?>");
...
</script>