Ciao,
io non lavoro in mysql ma in db2 che utilizza un dialetto sql leggermente diverso comunque non dovrebbe essere difficile adattare la query.

Mettendo un NOT prima di EXISTS e scambiando le tabelle puoi ottenere tutte le combinazioni di esiste/non esiste da una parte o dall'altra.

codice:
INSERT INTO TABELLA_3
SELECT *
  FROM TABELLA_1 A
 WHERE EXISTS (SELECT *
                 FROM TABELLA_2 B
                WHERE B.UNO = A.UNO
                  AND B.DUE = A.DUE
                  AND B.TRE = A.TRE)