Io ritengo che sia + tu a spiegarti male + che io a non capire, comunque prova cosi:
<input type="button" onclick="window.open('url...','PopUp','tuoiParamet ri')" value="apri" name="openpopup" />|<input type="button" onclick="window.open('','PopUp').close()" value="chiudi" name="closepopup" /> se non funziona non ho altre soluzioni.