Ciao,
La prossima volta che posti nel forum usa i tag CODE e leggi il regolamento.

Comunque prima di tutto dovresti localizzare dov'è che ti causa il segmentation fault.
Con varie prove potrai arrivare a capire che l'errore sta in questo if:

codice:
if (Compenetrazione(pacchi[MAX_PACCHI].posizione, pacchi[MAX_PACCHI].dimensioni)) 
{
        printf ("Compenetrazione tra pacchi.\n");
        return -1;
}
Quindi probabilmente l'errore si trova nella funzione Compenetrazione, ora sta a te capire precisamente dove, io ora non ho tempo e non posso aiutarti.
Per trovarlo puoi servirti di qualche printf sparso per il codice.
Quando l'avrai trovato, se non riesci a risolverlo da solo, posta qui il codice incriminato e vedremo di aiutarti.



EDIT:
"non newline at end of file",
Per questo basta che premi invio e lasci una riga vuota alla fine del codice.