Se ti iscrivi al google webmaster tools puoi indicare qual'è l'indirizzo della tua sitemap.xml e poi non hai altro da fare se non aggiornarla ogni volta che aggiorni il tuo sito ad esempio aggiungendo una pagina. Penso che questa sitemap non sia necessaria al fine del funzionamento di google, dal momento che da solo comunque salta da una pagina all'altra tramite i link, la sitemap serve a facilitargli il lavoro, in modo che non perda delle pagine che magari non sono linkate ad altre ad esempio.

Avevo un sito fatto interamente da me, avevo nel corso degli anni anche inserito una pagina di login e molte pagine di backend, avevo insomma fatto nel tempo un semplice ma efficacissimo cms, dal momento che era costruito proprio sulle mie esigenze e per quello che mi serviva. Il problema è che comunque i cms che trovi per la rete sono tenuti insieme da decine o centinaia di persone.. Secondo me ti trovi a impiegare molto tempo per fare la struttura piuttosto che impegnarlo per riempirlo di contenuti. Ne vale la pena?

Sicuramente se segui le «regole» di seo sia nella scrittura dei contenuti che nella parte legata alla struttura delle pagine non credo che dovresti avere differenze sull'indicizzazione di google rispetto ad un cms «ufficiale»..