non serve la select ma solo un update multitable.

codice:
$query3 = "UPDATE tab_A, tab_B 
SET tab_A.id_prodotto = '$id'         
WHERE tab_A.codice = tab_B.codice
AND tab_A = '$qualcosa' ";

 $result3 = mysql_query($query3);
questa e' solo una indicazione generica di come eseguire un update multitable. Per fare quello che ti serve dovrai mettere tu i valori coerenti. E prova prima su una copia della tabella perche' la query, se male strutturata, non perdona.