Ci sono alcuni strumenti che ti possono aiutare.
Ad esempio se usi Firefox, lo strumento si chiama "developer toolbar" mediante i cui tool puoi vedere quale e` il codice dei blocchi che sballano e quale e` il loro CSS. Per altri browser ci sono strumenti simili (non so pero` se c'e` per IE, ma devi sono idividuare quale codice genera quei blocchi).

Poi prova a giocare con margini e dimensioni, per capire come devono essere sistemati per IE.
Infine inserire i commenti condizionali e` un giochino divertente (quasi - e se non te la prendi con i suoi programmatori)