in ogni caso, io uso un metodo simile ma un po' diverso...prova a mettere il tag script in una nuova pagina php, poi la requiri in base a $_GET con impostati gli evidenziatori di errori
Codice PHP:
error_reporting(E_ALL|E_STRICT);
ini_set('display_errors', true); 
all'inizio della pagina.
in questo modo dovrebbe debuggarti il php, se è un problema di posizione (ad esempio se il javascript richiede un css specifico o altri script che sono messi dopo di lui, o se hai messo <script> in una zona errata), invece non so che dirti

ps: in ogni caso, se lavori xhtml, termina il tag <link> con /> invece di > semplice