ho scritto questo piccolo script l'ho provato e funziona..spero di aver capito bene cosi ti serve, provalo e fammi sapere ^^

codice:
                function controllaSelect() {
                    var array = document.getElementsByTagName("select");
                    var i = 0;
                    var j = 0;
                    var valoreUguale = false;

                    //Primo ciclo per scorrere l'array
                    while (i < array.length) {
                        //Secondo ciclo:confronto ogni elemento contenuto nell'array con tutti gli altri
                        while (j < array.length) {
                            //Se trovo un valore uguale (array[i].value == array[j].value) 
                            //in due select diverse (i != j) allora interrompo il ciclo
                            //altrimenti continuo a cercare se ci sono valori uguali.
                            if (array[i].value == array[j].value && i != j) {
                                valoreUguale = true;
                                break;
                            }
                            j = j + 1;
                        }

                        if (valoreUguale)
                            break;

                        j = 0;
                        i = i + 1;
                    }

                    if (valoreUguale)
                        alert("Alcuni valori sono uguali!");
                    else
                        alert("I valori sono tutti diversi!");
                    
                }
ps: lo script presuppone che nella pagina ci siano solo le select che hanno i valori per l'ordinamento e non altre...se ce ne sono anche altre dimmelo che apporto qualche modifica