Visto che hai postato questa domanda in ASP.NET mi viene da pensare che stai cercando di utilizzare EF in un sito asp net quindi utilizzi un web server IIS.
Quindi, iis deve far girare .net 3.5 sp1. Non sò se centra il fatto che hai installato o meno VS2010 in quanto come appunto dicevo deve essere iis che gira con il framewrok 3.5sp1 o superiore. Devi andare sulle impostazioni iis e selezionare il giusto framework.