Prova così!

Metti 2 textbox e chiamale txtFile1 e txtFile2, poi metti una pictureBox e chiamala picResult.
Infine metti un bottone al cui click assegni questo codice:

codice:
   Me.Cursor = Cursors.WaitCursor
        Application.DoEvents()

        ' Load the images.
        Dim bm1 As Bitmap = Image.FromFile(txtFile1.Text)
        Dim bm2 As Bitmap = Image.FromFile(txtFile2.Text)

        ' Make a difference image.
        Dim wid As Integer = Math.Min(bm1.Width, bm2.Width)
        Dim hgt As Integer = Math.Min(bm1.Height, bm2.Height)
        Dim bm3 As New Bitmap(wid, hgt)

        ' Create the difference image.
        Dim are_identical As Boolean = True
        Dim r1, g1, b1, r2, g2, b2, r3, g3, b3 As Integer
        Dim eq_color As Color = Color.White
        Dim ne_color As Color = Color.Red
        For x As Integer = 0 To wid - 1
            For y As Integer = 0 To hgt - 1
                If bm1.GetPixel(x, y).Equals(bm2.GetPixel(x, _
                    y)) Then
                    bm3.SetPixel(x, y, eq_color)
                Else
                    bm3.SetPixel(x, y, ne_color)
                    are_identical = False
                End If
            Next y
        Next x

        ' Display the result.
        picResult.Image = bm3

        Me.Cursor = Cursors.Default
        If (bm1.Width <> bm2.Width) OrElse (bm1.Height <> _
            bm2.Height) Then are_identical = False
        If are_identical Then
            MessageBox.Show("Le immagini sono identiche!")
        Else
            MessageBox.Show("Le immagini sono diverse!")
        End If

        bm1.Dispose()
        bm2.Dispose()
Questo non fa altro che caricare le immagini corrispondenti ai percorsi che inserirai nelle 2 textbox (es: "C:\miaCartella\miaIMG.jpg") e pixel per pixel controllare se ci sono differenze!

Alla fine nella pictureBox assegnerà il colore (rosso se son diverse ecc)

Questa è la base son sicura che smanettandoci un po arriverai ad adattarlo a ciò che ti serve!

Ciao!