Mentre se voglio aprire l'applicazione in un secondo momento, voglio che la form sia visibile.
Nel senso che se tu manualmente la avvii c'è anche l'interfaccia grafica mentre se parte all'avvio del computer l'nterfaccia grafica non c'è?
In tal caso la soluzione più veloce che mi viene in mente è quella di passare un parametro da riga di comando: se il parametro c'è, allora nascondi la form, se non c'è lasci tutto visibile.