Allora il consiglio che ti ho dato io va bene. Quando crei il collegamento in esecuzione automatica fai in modo che questo passa al tua programma un parametro (che ne so, potrebbe essere /noninterface). Se il tuo programma rileva il parametro allora mostra solo i MsgBox, se non lo rileva vuol dire che ci hai cliccato tu e quindi mostra il form.