Secondo me bisognerebbe progettarlo considerdo entrambe le soluzioni, ad esempio, io ho la possibilità, mediante una variabile, di utilizzare il mod_rewrite o meno.

Es. mettiamo il caso che un sito ha una pagina index.php che assembla le varie parti mediante variabili passate,
quindi senza mod_rewrite un link sarebbe:
www.miosito.it/index.php?pagina=lamiapagina
con il mod_rewrite attivo lo stesso link può diventare:
www.miosito.it/lamiapagina
Ora mediante la variabile
$modRewrite = true;

quando andiamo a stampare la pagina potremmo fare in questo modo:
Codice PHP:
$link "<href=\"www.miosito.it/\"";
if(!
$modRewrite){
    
$link .= "index.php?pagina=";
}
$link .= "lamiapagina"
Spero di essere stato chiaro.
L'esempio da me proposto può subire mille cambiamenti, specie se si utilizza un motore di template.