Tu chiedevi di recuperare l'output generato, non il sorgente dello script. E' normale che quello che ti torna è solo HTML perché il server web si è preoccupato di farlo elaborare prima di restituirtelo.

se poi ti torna il codice PHP senza averlo eseguito è perchè .phtml non è registrata nel server web come estensione da dare in pasto a php.

Comunque sono cose un po' strane. Perché fai una simile operazione?