1. Non so che client abitualmente usi. In genere ci si connette direttamente al server dalla riga di comando con mysqldump, oppure si usa PHPMySQLAdmin.

2.1 Prima di tutto si scrive hacker, ma sicuramente intendi uno script-kiddie;
2.2 Impara un linguaggio di scripting, oppure usa un tool dedicato per fare il backup (cerca su Google);
2.3 La migliore difesa e' la prevenzione. Non farti bucare e basta.

Ti consiglio caldamente di farti dare una mano da qualcuno che sappia quello che stia facendo.