il metodo uno va benissimo, dovresti però farlo file per file, es:

style.css lo rinomini in style.css.php

nel file rinominato inserisci l'impostazione dell'header corretta, per comunicare al browser che quel file PHP deve essere trattato come un file CSS:

header("Content-type: text/css");

poi inserisci le righe di codice per la compressione