non ho guardato bene tutto il codice, tuttavia mi pare che le 3 istruzioni che inizializzino i testi siano le seguenti:

Codice PHP:
    
    $('#text').html(text[index]);
    $('#footnote').html('[url="' + footnotes[index] + '"]' + footnotes[index] + '[/url]');
    $('#index').html('#' + index); 
prova a sostituire index a cursor

Codice PHP:
    
    $('#text').html(text[cursor]);
    $('#footnote').html('[url="' + footnotes[cursor] + '"]' + footnotes[cursor] + '[/url]');
    $('#index').html('#' + cursor); 

non sono sicuro che faccia ciò che speri, se funziona con questa ultima modifica la variabile index penso diventi inutile anche passarla alla funzione e inizializzarla nel primo if