la sovrastampa in genere la si da al nero e hai testi o in determinati casi quando si lavora con tinte pantone, quindi non ha nessun senso parlare di quale metodo è migliore, uno non esclude l'altro, va valutato caso per caso.

in inDesign la sovrastampa la imposti dal pannello Attributi, in Acrobat non credo si possa impostare, ma solo controllare dal menù
Avanzate>Produzione di stampe>Anteprima di output...
sempre da questo pannello verifichi anche la copertura area totale

Per quanto riguarda il profilo, sarebbe meglio usare profili fatti su misura che in teoria dovrebbero essere forniti dalla litografia, ma poichè questo al momento non è realistico si utilizzano dei profili generici, per il pantone non credo abbia senso parlare di profilo

il Fogra 27 è stato sostituito dal Fogra 39

-Coated Fogra 39 (per carta patinata lucida e opaca, in offset piano)
-Uncoated Fogra 29 (per carta non patinata, cioè naturale, in offset piano)
-Web Coated Fogra 28 (per patinatino da rotooffset)