Se ho capito bene cosa vuoi fare,secondo me ti conviene fare una struttura,ogni elemento della struttura contiene username e password.
le salvi sul file,separate dal terminatore.
La modalità "a+" di fopen (per sicurezza controlla qua ---> http://www.cplusplus.com/reference/c.../cstdio/fopen/ ) scrive a partire dall' ultimo carattere presente nel file.
Poi serve una funzione che legge il file e salta le stringhe a seconda di quale username stai considerando.
Spero di aver centrato il problema,è questo che vuoi fare?