Intanto non capisco perche' tu debba far scrivere al javascript del semplice codice html... dato che non sta in una funzione presumo venga eseguito al caricamento della pagina e quidi e' inutile.

Poi, ripeto, dipende da cio' che fa la funzione a me ignota: se in essa vi e' una modifca all'href della pagina il comportamento e' assolutamente normale.

ciao