Joomla può essere installato su Windows, su Linux o su qualsiasi altro sistema che risponda ai requisiti minimi di installazione come MySQL, Apache e PHP.
Alcuni hoster però vietano a priori l'installazione su server Windows, nonostante nei requisiti minimi non ci sia alcun riferimento ad un particolare sistema operativo rispetto ad un altro.

Invece di Apache, per l'installazione di Joomla su Windows, viene utilizzato il pool di applicazioni IIS anche se non viene garantito a pieno il corretto funzionamento del CMS.

Per evitare possibili " fastidi " ti consiglierei anch'io Linux

Spero di esserti stata d'aiuto.