Il codice deve essere quello che ti ho dato.
Se scrivi

codice:
<!--[if IE]>
qualsiasi contenuto
<![endif]-->
tutti gli altri browser considerano quel codice un semplice commento e non lo rendono nella pagina.
Usando invece un commento annidato a questa maniera all'interno del commento condizionale

codice:
qualsiasi contenuto
dici al solo Explorer di considerare il contenuto un commento