conto alla rovescia

[longilineo]

intanto spero che tu abbia modificato oltre a setTimeout anche max che ora essendo in secondi non è più 100 ma 10.
Inoltre decimi è un nome fuorviante ora lavori con i secondi

per il resto devi semplicemente convertire da decimale a sessagesimale il tempo rimanente (max-decimi), in realtà nel tuo caso è ancora più semplice.

per max = 10 in ogni caso otterrai un numero che va a 10 a 0 secondi quindi il campo minuti resterà sempre "00:"
mentre per il campo secondi (max-decimi) solo nel caso in cui i secondi che restano siano meno di 10 devi aggiungere come prefisso 0 così da avere i secondi nel formato 'ss'.

quindi

secondi=0;
max = 10;

function Crono() {
   var  tempoRimanente  = max - secondi;
    if(tempoRimanente < 10 ) tempoRimanente = "0"+temporimanente;
    tempoRimanente = "00:"+tempoRimanente;
    document.getElementById("tempoRimanente").innerHTML = tempoRimanente;
    secondi++;
    if (secondi==max) {
        fai();
    }
    CronoID = setTimeout("Crono()", 1000);
} 

Più che imparare javascript vedo che hai problemi a programmare. Infatti al posto di utilizzare un contatore (ex 'decimi' nel codice di ora 'secondi') potresti pensare semplicemente a decrementare max fino a quando non vale 0

quindi modificando ulteriormente il tutto

max = 10;

function Crono() {
    var  tempoRimanente  = max;
    if(tempoRimanente < 10 ) tempoRimanente = "0"+temporimanente.toString();
    tempoRimanente = "00:"+tempoRimanente;
    document.getElementById("tempoRimanente").innerHTML = tempoRimanente;
    max--;
    if (!max) {
        fai();
    }
    CronoID = setTimeout("Crono()", 1000);
}