ok..non avevo capito...la distanza tra due punti nel piano cartesiano è banalmente
radice[(x1-x2)^2 + (y1+y2)^2]
in ogni caso prima di decidere se farla fare a mysql fai delle prove e calcola se ci mette meno sql o java...in linea teoria posso dirti che con mysql sarebbe più logico in quanto eviteresti di recuperare dati "inutili"