Più probabile che sia l'elemento select che per IE è "particolare", se non ricordo male hai due soluzioni:
1) carichi con ajax una "nuova" select completa di option, al posto delle sole option (+ semplice).
2) generi x option tramite dom (leggi qui) e le appendi alla select "orginale" (+ complesso).
Se non è il caso tuo posta un link alla pagina pubblica cosi da visionare/testare il problema.