Io non so bene come fare ma so che si puo' fare.
Sto sviluppando una applicazione web abbastanza grossa, e' tutto javascript/jquery, ma abbiamo una parte, una specie di editor di diagrammi tutto fatto in java/GWT da un mio collega, il quale esporta un API javascript che poi io posso chiamare.

Ripeto non so di preciso come si faccia, ma so che si puo' fare. Probabilmente vuoi cercare un po' con Google cose tipo "export GWT to Javascript" o robe cosi'.

L'unica cosa, soprattutto se non sei esperto di javascript stai attento soprattutto con le chiamate asincrone che vengono fatte dal codice GWT, perche' allora li' ti serve una callback per comunicare a Javascript quando la chiamata asincrona ha finito, o come e' toccato fare a me per incompetenza dei colleghi, ideare delle porcherie (o cose brillantissime, a seconda dei punti di vista!) per ovviare al problema. Inoltre attento a come il codice GWT compilato a javascript viene iniettato dentro alla tua pagina, e a quando le cose che esporti diventano effettivamente disponibili. In generale tutto e' disponibile non quando il DOM e' stato completamente caricato ma quando il documento e' stato completamente caricato (in terminologia jQuery non al $(document).ready() ma al $(window).load()). E ancora non e' detto che a quel punto sia tutto disponibile, quindi ci sono degli accorgimenti/hack per aspettare che ci sia tutto prima di usarlo.

Per farla breve, se non sai di cosa sto parlando forse dovresti cercare un'altra strada per fare quello che devi fare, perche' mischiare GWT e javascript puro e' un immenso casino.

O fai tutto in GWT o (come e' meglio IMHO) ti leggi un manuale di javascript e fai tutto con quello.