mmm, riesci a vedere i log del web server? Lì sicuramente hai qualche notizia in più

Io credo sia un problema di owner: prova ad impostare lo stesso proprietario degli altri file php che funzionano.

Fai così:

(controlli il proprietario dei file che funzionano)
ls -al

Nel file dove generi il .php, metti una roba di questo tipo:

Codice PHP:
$file_name"somefile.php";
$path "/somedir/" $file_name ;
$user_name "il nome preso dal comando precedente";

chown($path$user_name);
chmod("/somedir/somefile.php"0777);